Dal punto di vista della combinazione di colori e del nucleo visivo, il logo della New York-Penn League sembra tradizionale. La combinazione di blu navy, rosso e bianco è stata utilizzata da molte squadre, per non parlare della Major League e della Minor League Baseball stesse. Inoltre, c’è una palla da baseball bianca con cuciture rosse.
Ciò che rende riconoscibile il logo è la forma a clessidra della scritta “New York-Penn” posta sopra la palla da baseball. Le sue grandi estremità si estendono oltre il tondo creando un contorno distintivo e memorabile. In precedenza, la Lega usava un logo con mazze incrociate e una palla da baseball su un quadrato verde.